在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

的研究結果

1、从光敏培训肿瘤细胞中转化成DNA交连核脂肪酸

为了更好地分开光化学交连血清酶质-DNA黏结物用来LC-MS数据定量分析，诗人的开发好几个种性质发生变化纯化工作方案，可从DNA中除掉非你化学交连血清酶质，仅在作用时已完成单独人类基因组相处含有DNA化学交连血清酶质。用TRIZOL提现刺绣质并除掉执行死刑获的非化学交连血清酶，再将其重融化以开始RNase消化不良吸收。已完成超音波截取所得税率血清酶质化学交连DNA的提现物，在硫氰酸胍中烧开性质发生变化，并在二腐蚀硅离心式柱上轻微洗衣以除掉非你化学交连血清酶质随后已完成。已完成核酸酶净化处理从DNA中放光化学交连血清酶，并开始胰血清酶酶消化不良吸收用来LC-MS数据定量分析。该工艺取名为血清酶质化学交连DNA提现或XDNAX。

图1.蛋清质热塑DNA拆分或XDNAX步骤程序流程图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可直接性碰到DNA的蛋清质图谱

将光热塑步骤软件于MCF7内部，发现了了1,805种得票数淀粉酶，各举1,191种发生于3个或非常多次相同中。60%的DNA互不效果组配有核酸搭配的GO注解，在缺少核酸搭配注解的淀粉酶质中，很大的重大贡献源于核纤层淀粉酶，而后是参与者印染质策划 和内部裂开的淀粉酶质（图2）。

图2 . 可立即交往 DNA 的血清质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3归纳了DNA能够 能力组所蕴含的核核苷酸-DNA接口非常收录的核苷酸交连肽。这以及由（1）球状DNA运用实际设计域、（2）DNA 运用实际无序性区（IDR）和（3）由与许多核核苷酸（举列组核营养物质运用实际核营养物质）、RNA（举列剪接因素）或相分开区室（举列核仁核营养物质）能够 能力而影响的区域近乎。

图3 . 可会相处 DNA的结构设计域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、定量分析内部扰动这段时间内与DNA根据的转录细胞

雌荷尔蒙肾上腺素受体α（ESR1）驻回到胞质溶胶中，到问题其配体，释放易位到受损神经受损细胞结构，在那儿它与遗传基因组中的指定区域内区域内融合以系统激活指定区域内的转录系统。将血清饥饿的MCF7受损神经受损细胞展现于高的用药量雌荷尔蒙（10 nM 17β-雌二醇）441两分钟，与虚拟外理的参考受损神经受损细胞对比它们的的DNA互相用组（图4A）。里面，雌荷尔蒙促使后DNA互相用组中的ESR1增长了30倍（图4B）。总的一般来说，在1,814个化学发光法的球膳食纤维-DNA互相用中，约有9%表明出不低于2倍的有明显转变，并观测到与ESR1兼具互相用的球淀粉酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌荷尔蒙整理乳房癌症核 DNA 相互间做用组的一定量很（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

工作小结

探究的使用DNA组的蛋清酶质以知道它是怎样被调用并付诸应用的，很久是教育科研相关人员同一个长期的的寻求。DNA组可及性具体以DNA为管理中心的维度的使用探究，或许，到现如今结束，固色质疑胶中的那些蛋清酶质与DNA 有物理上的彼此用途尚不清晰。的使用零时间光交连，可发现DNA彼此用途组中的太越多越蛋清酶质，XDNAX工艺将看做蛋清酶质-DNA彼此用途探究的很强机器。

拜谱总结ppt

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋白质含量质组学、掩盖组学、产生组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

基准论文论文参考文献：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.