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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已体现出广泛的的生物学吸附性，例如抗肉瘤和抗病力毒能力。常见，三萜是按照甲羟戊酸路径自动合成的，并从大自然花草和念珠菌中分离出来。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表过了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的调查论文提纲。该调查察觉到三萜类有机物虫草酸（GA）是依据透明液体训练的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学有效的转化导致的。经过转录组和球营养素组学技术工艺性加大力度一个脚印找寻无柄虫草菌丝体中DHT导致有两种虫草酸（GA）的逻辑，并结合两组学技术工艺性在线检测到的区别表观遗传和区别球蛋清，预测DHT 生态学自动合成 GA 的经由。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和职能划分类别

依据对无柄虫草真菌孢子菌丝体采取转录组测序共收获67230个转录本和1429九个单表观遗传。在许多单表观遗传中，49多个被监定为之间的关系形容表观遗传（DEGs），在这当中213个形容调整，279个形容下跌（图1A）。GO生物制品含有深入讲解后，DEGs主要包括生物制品期间（BP）、受损组织的成分（CC）和团伙模块（MF）3类。在BP分类中，有了前6个子分类：抗菌素可分解排泄期间，醋酸钠盐排泄期间和甲酸盐排泄期间;而在CC分类中，受损组织外区、突触软型体、突触的结构是前6个亚类。我们对MF分类，甲酸脱氢酶（NAD）吸附性、阳极氧化展现酶吸附性和酸氨（或酰胺）相连接酶吸附性是前6个亚分类（图1B）。在DEGs的KEGG通道深入讲解中，前30条生物制品含有度上限的通道有27条是排泄，在这当中二氧化氮排泄、乙醛酸盐和二羧酸盐排泄、丙酸盐排泄卫星信号通道可观生物制品含有（图1D）。

图1|转录类物质析和作用划分

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

经过对无柄虫草细菌菌丝体认定血清质组学剖析，大概认定了16,457种特点肽、2606种血清质和2588种按量血清质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的建立经济条件下，在这儿2606种血清质中，94种被鉴定结论为地域不同之处把你想呈现出来血清（DEPs），各举52种上浮，42种调低（图2A），图2C信息体现了地域不同之处把你想呈现出来血清的聚类算法剖析热图。从GO剖析来，BP行业类别信息体现，几乎数DEPs进入醋酸钠盐基础消化吸收率的时候、抗菌素研究基础消化吸收率的时候和类药物研究基础消化吸收率的时候。CC类DEPs在组织外区、过阳极化合物酶体和微体中占有比率最多，阳极空气氧化完美重现酶活力性和甲酸脱氢酶（NAD）活力性在MF类中DEPs的比重最多（图2B）。与转录组的结果差不多，KEGG环路剖析信息体现，无数DEPs在基础消化吸收率中丰度，各举3条最丰度的条件是光合生物制品制品中的碳紧固、碳基础消化吸收率和MAPK数剧信号环路（图2D）。还有，经过剖析GO数剧库的CC对DEPs认定亚组织定性分析剖析和标注（图2E），DEPs重点的规划在组织质（40.66%）、组织膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），实际上是GAs生物制品制品合成视频的重点的角度。

图2|蛋白酶质组的降钙素原检测进行分析和技能验证通过

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物转换和对应组得票数DEGs和DEPs制造了维恩图，有20个差异性把你想形容出来DNA（图3A）。对转录组和核营养素组中E组和C组共同拥有的DEGs/DEPs进行聚类算法进行分折，发觉mRNA和核营养素范围内有12个上浮DNA和2个调低DNA，DEGs两者汉语翻译的DEPs把你想形容出来水平面呈正相应，基本概念Pearson的相应指数公式进行分折，在转录组和核营养素组范围内的检测到相较较高的相应性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检测工具最后体现，E组和C组1个DEGs的体现出关卡的差异正相关，在其中9个为上浮DEGs，二个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的体现出态势与转录混合物析最后同样。

图3|核氨基酸组的化学发光法具体分析和功能键确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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